本文目录一览

1,如何将转录组数据上传到ncbi

过程有点复杂,如果是让公司测序,可以让他们帮你传呀 不行的话ncbi有传的英文教程 稍微啃下 应该没问题的

如何将转录组数据上传到ncbi

2,转录组测序所得的数据怎样传到NCBI的SRA数据库

Unigene其实没有一个标准的定义。大体的概念是经过去冗余之后得到的基因序列,这条序列和其他的序列是非冗余的,也就是理论上其他序列都和此序列代表的不是同一个基因。或者是经过聚类后得到的不同的类,类和类之间是非冗余的,每个类可以认为唯一的代表一个基因。不同的去冗余和聚类的方法得到的结果都可以称为unigene。另外NCBI上也有Unigene的概念,是NCBI用自己的方法对序列进行聚类,它认为每一个类都唯一的代表一个基因,并赋予一个编号:物种名字.数字,比如小麦的一个例子:Ta.191,这也是较常用的Unigene.

转录组测序所得的数据怎样传到NCBI的SRA数据库

3,转录组测序所得的数据怎样传到NCBI的SRA数据库

xshell连接NCBI服务器 输入命令 ftp 连接成功后输入账号 密码mkdir命令创建一个文件夹,以你的BioProject accession命名FTP 连接成功后连接成功后进入刚才建立的BioProject文件夹把原始数据拖进去即可传输过程中,如果一定时间(五分钟?)没有激活传输界面,可能会导致连接断开进度可能会一直停在99%,重新连接成功后,也一直卡在99%,不过似乎数据还是上传成功了的 传输成功的会显示linked,同时FTP里对应的文件会消失 传输成功的会显示linked,同时FTP里对应的文件会消失 全部文件夹都传输成功了会变成queued然后就等NCBI处理了

转录组测序所得的数据怎样传到NCBI的SRA数据库

4,NCBI选择数据库

原理很简单后者是前者的子集。chromosome只包含所有已经测序的基因组数据。估计你的序列可能只是在高等生物中保守,所以才会出现选择chromosome数据库时相似数量下降非常多。在做BLAST的时候,我们通常需要根据不同的目的选择不同的数据库。例如,要看一下测的序列是不是子集所期望的序列,以及,那nr数据库是最好的选择。至于以谁为准,因需要解决的问题而异。读一下blast每个数据库的定义,对于你选择数据库最有帮助。有一个基本原则是:nr数据库可以满足绝大多数的需求。少数特殊需求可以通过其他数据库完成,例如最近30天内的更新序列,搜索新基因这是必查的;题目中的chromosome数据库是只包含了全基因组或全染色体的数据。详参NCBI Blast说明。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blastcgihelp.shtml#nucleotide_databases

文章TAG:转录组数据传ncbi哪个数据库  如何将转录组数据上传到ncbi  
下一篇