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1，如何查询细菌基因的编号

根据你现在已有的核苷酸序列，前往NCBI（在google里面搜索），点击右侧栏目里面的blast，找不到，自己ctrl+F查，然后选择nucleictide blast我记得貌似是的，然后输入相关序列，后面选择数据库，选择你要的，然后blast就能获得你的序列对应的细菌基因，然后再点那个基因就能够知道编号

如何查询细菌基因的编号

2，截止到2019年3月31日有多少株细菌的全基因组序列提交到NCBI数据

||您以某序列搜索NCBI的Nucleotide数据库,结果显示会告诉您哪个物种的基因组中有该序列.其它细菌中就没有。
ncbi对blast进行了全新的改版，推出了最新的web blast report。在最新的blast比对结果页面中，“图形化概要(graphic summary)”、“具体描述(descriptions)”以及“序列比对(alignments)”等部分页面都可以展开和收起。此外，网页上还提供了“结果输出格式选项(formatting)”和“结果下载选项(download)”，在下载选项中还新增了csv格式下载。这样，读者可以轻松地将blast的比对结果输入到表格处理软件中去。另外，blast比对结果页面上的“alignments”部分还提供了每一条命中序列在entrez gene中的相关信息，这些信息包括基因名称、来源物种以及在pubmed数据库中与该基因有关条目的数目等。

截止到2019年3月31日有多少株细菌的全基因组序列提交到NCBI数据

3，大肠杆菌DH5菌株的基因型里面lacU169f80 lac ZM15是什么

lacZ基因是大肠杆菌中lac操纵子的结构基因，表达β-半乳糖苷酶，分解乳糖为半乳糖苷。β-半乳糖苷酶是由四个相同的亚基组成的，每个亚基又包含两个片断，即α片断和ω片断，只有这两种片断同时存在时，β-半乳糖苷酶才表现出活性。lacZ基因的变异或缺失将直接导致β-半乳糖苷酶活性缺失，细胞在只有乳糖作为碳源的培养基中不能生长，由此可以进行菌株的筛选和纯化。lacZM15是表达β-半乳糖苷酶α片断的一段基因，当M15缺失（△M15）时，lacZ基因虽然能表达ω片断，但不能表达α片断，β-半乳糖苷酶没有活性。当带有lacZ（α片断）基因的lac操纵子通过载体DNA（如pUC19 DNA）转化到lacZ△M15基因型的细胞 (如E.coli JM109）时，在有IPTG (异丙基-β-D-1-硫代半乳糖苷) 存在的情况下, β-半乳糖苷酶表现出活性,它能分解X-gal (半乳糖类似物)，使其呈现蓝色。因此可以通过平板上的蓝白菌落进行克隆体的鉴定。φ80是指 lambdoid 噬菌体基因φ80delta 是缺失的意思 后面是缺失的基因lacu169是指lacZYA到argF之间的基因，大约100,000 bp
额

大肠杆菌DH5菌株的基因型里面lacU169f80 lac ZM15是什么

4，如何查找某一菌株的全基因组数据

UCSC上有，输入基因名，选对物种即可
基于第二代高通量测序技术，对于有参考序列的物种，针对不同的真菌菌株，可通过全基因组重测序的方法获得全基因组范围内完整的变异信息，讨论群体的遗传结构、影响群体遗传平衡的因素以及物种形成的机制，定位重要性状位点，为后续分子育种打下坚实基础。同时，通过全基因组大样本重测序对真菌重要菌株进行全基因组的基因型鉴定，并与关注的表型数据进行全基因组关联分析（gwas），找出与关注表型相关的snp位点，定位性状相关基因。随着测序成本降低和拥有参考基因组序列的物种增多，基因组重测序也成为育种研究中迅速有效的方法之一，在全基因组水平扫描并检测出与重要性状相关的变异位点，具有重大的科研价值和产业价值。近日，nature genetics发表的一篇文章就充分利用了微生物基因组测序与以全基因组重测序为基础的全基因组关联分析结合的方法，揭示了裂殖酵母遗传与表型多样性之间的联系。研究者选取裂殖酵母schizosaccharomyces pombe作为研究对象，在全球20个国家范围内收集了时间跨度为100年的161个野生株系的s.pombe，进行了全基因组测序，推测裂殖酵母在公元前340年开始广泛大量出现，祖先种到达美洲的时间为公园1623年。后续研究者又选取223个菌种进行全基因组关联分析，发现至少89个性状表现出一个关联。每个性状最显著的检测到的变异可以解释平均22%的表型差异，且indel的影响比snp更大。

5，求基因表达常用数据库

你这是什么问题啊，汗，都看不懂
http://www.geneticsofgeneexpression.org/network/
IARS2-003指isoleucyl-tRNA synthetase 2基因003转录本。ENST00000490891是IARS2-003的transcript ID，OTTHUMT00000090763是另一个数据库对同一转录本的编号（Havana transcript）。http://asia.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Summary?db=core;g=ENSG00000067704;r=1:220267444-220321380;t=ENST00000490891UCSC Microarray Expression Data 给出了基因mRNA在人类不同组织中的表达量http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGene?hgg_gene=uc001hmc.2&hgg_prot=B2RPG8&hgg_chrom=chr1&hgg_start=220267454&hgg_end=220321376&hgg_type=knownGene&db=hg19&hgsid=193781719GEO数据库给出了详细的基因mRNA在不同组织中的表达数据，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/基因的表达量不等于转录本的表达量，特定转录本IARS2-003的表达量需要自行实验证明。
应该有这类数据库。自己找找。最好看文献。再看看别人怎么说的。

文章TAG：菌株  基因  基因型  哪个  菌株基因型上哪个数据库  
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