常用的rna数据库有哪些，有没有验证过的lncrna数据库
来源：整理 编辑：黑码技术 2024-04-28 20:37:48
1，有没有验证过的lncrna数据库
lncRNA其实也是基因的一种转录本，所以你可以到那些RNA相关的大数据库比如ncbi，hgnc等。你也可以到那些专一收集整理lncRNA的数据库比如lncRNAdb LNCiped.org这些数据库中去查询。。肯定能找得到。。
2，tRNAdb 是什么生物信息数据库
ncRNA(non-coding RNA) 就是非编码RNA ，如小分子核仁RNA(sonRNA)、小RNA(miRNA)、小干扰RNA(siRNA)。NcRNA应该是遗传信息的携带者，RNA的一种,目前主要有三大种tRNA｜转运RNA，翻译｜mRNA信使RNA，转录｜｜rRNA核糖体RNA构成核糖体
3，求个肺癌相关 miRNA数据库最好是中文的求个链接
你好！这个目前做的好的都是英文的好像如有疑问，请追问。以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表，中文的暂时没有这种数据库吧，下面第一个基本就够用的了：（1） miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。 （2） starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。 （3） Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。 （4） miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。 （5） targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。 （6） PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。 （7） PITA：基于靶位点的可接性（target-site accessibility）和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址： （8） RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。 （9） miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。（10） MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。 （11） miRTarBase：整合实验证实的microRNA靶标的数据库。 （12） miRGator v2.0：整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。 （13） MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。 （14） miRDB: 动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。 （15） RNAhybrid：一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。 （16） miRGen：microRNA基因和microRNA靶标数据库。 （17） Targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。 （18） miRU, psRNATarget: 一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。 （19） CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。 （20） Target-align：一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。
4，mirna数据库怎么用详细的中文
以下是常用的microrna靶标数据库和软件资源列表，中文的暂时没有这种数据库吧，下面第一个基本就够用的了：（1） mirbase：众所周知的microrna基因注释数据库。目前mirbase只提供了microrna的靶标的预测软件的链接（如：pictar）。 （2） starbase：一个高通量实验数据clip-seq（或称为hits-clip）和mrna降解组测序数据支持的microrna靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。 （3） tarbase：一个收集已被实验验证的microrna靶标数据库。 （4） mirecords：一个整合的microrna靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。 （5） targetscan: 基于靶mrna序列的进化保守等特征搜寻动物的microrna靶基因。是预测microrna靶标假阳性率较低的软件。而且是microrna领域大牛bartel实验室开发的。 （6） pictar：基于microrna或microrna靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microrna靶基因的软件，假阳性率也较低。是microrna领域大牛rajewsky实验室开发的。该文章位列mirna相关文章引用top5。 （7） pita：基于靶位点的可接性（target-site accessibility）和自由能预测microrna的靶标。是著名的生物信息学家segal实验室开发的。网址： （8） rna22：基于序列特征预测microrna的结合位点。是几个流行的microrna靶标预测软件的其中一个。ibm公司的研究团队开发的。 （9） miranda和microrna.org：是著名的memorial sloan-kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miranda的最新版本又叫mirsvr。（10） microcosm：embl-ebi的enright 实验室开发的microrna靶标数据库。 （11） mirtarbase：整合实验证实的microrna靶标的数据库。 （12） mirgator v2.0：整合microrna表达、靶标和疾病相关信息的数据库。 （13） mirnamap:动物的microrna基因及其靶标的数据库。 （14） mirdb: 动物microrna靶标预测和功能注释数据库。 （15） rnahybrid：一个基于mirna-target配对自由能预测microrna的靶标的软件。 （16） mirgen：microrna基因和microrna靶标数据库。 （17） targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小rna的靶标软件。 （18） miru, psrnatarget: 一个网页版的植物microrna靶标预测工具。 （19） cleaveland:一个基于mrna降解组数据预测microrna靶标的工具。 （20） target-align：一个就鉴定植物microrna靶标的工具。如果是要初步的筛选，最好用至少3个数据库进行预测，然后取共有的target gene进行下一步的验证，常用的数据库有targetscan，RNA22，mirbase，PITA，microcosom等等
5，小鼠circrna数据库齐全吗
随着对circrna研究的越来越多，已知的circrna数据信息在快速增长，在这里我们肽度时界（timedoo）整理了当前circrna相关的数据库列表，希望能帮到您：1.circbase[1]，是一个通过收集和整合已经发布的circrna数据构建的数据库。目前该数据库收集包括以下6个物种的circrna信息：人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇 (dm3)、矛尾鱼 (latcha1)、腔棘鱼 (latcha1)。该数据库最新版本发布时间为2014年1月。网址：http://www.circbase.org/。通过在搜索界面中的list search提交circbase支持的circrna id号或基因组区域位置信息，可以快速查询相关circrna信息；研究者也可以通过tablebrowser进行条件设置，筛选自己所需要的circrna数据。2.circrnabase[2] , 该数据库通过整合已发表的circrna数据，构建mirna与circrna以及circrna与rna结合蛋白（rbp)的互作网络。最新版本发布时间：2013年12月 。网址：http://starbase.sysu.edu.cn/mircircrna.php3.circ2traits[3] ，是一个收集与人类疾病或性状潜在关联的circrna数据库。该数据库通过预测mirnas和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状rna间的相互作用关系，构建了相互作用网络, 并对mirnas-circrna相互作用组中的蛋白编码基因进行了go富集分析；此外，将与疾病相关的snps位点定位到circrna基因座上，并鉴定了环状rnas上的ago相互作用位点。最新版本发布时间：2013年12月 。网址：http://gyanxet-beta.com/circdb/4.circnet[4]，利用464个rna-seq测序数据，进行新circrna预测及基因组注释，并计算已知的及新预测的circrna表达情况，构建circrna-mirna-genet调控网络，以上信息均可从该数据库获得。版本发布时间：2015年12月 。网址：http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/5.deepbase v2.0[5]平台, 该数据平台收集了大约15万多的circrna基因（人、鼠、果蝇、线虫等），并构建了最全面的circrna的表达图谱。最新版本发布时间：2015年10月 网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/6.circinteractome[6]该数据库预测了已知的109个rna结合蛋白数据集与circbase中的circrna的结合位点，并利用targetscan软件预测了mirnas与circrna的潜在结合位点。最新版本发布时间：2015年12月网址：http://circinteractome.nia.nih.gov/你也可以上肽度时界（timedoo）查看circrna（环状rna）学术解读资料。1、starBase 一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标。
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