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1,哪个数据库能找到mirna已经被验证的靶基因

这里有一个软件:miRTarBae,不错!它整合实验证实的miRNA靶标的数据库。输入感兴趣的miRNA,即可找到验证了的靶基因。靶基因在Wikipedia就可找到它的功能!目前自己的实验验证了10个miRNA,找到一个有意思的miR483,它在小鼠上靶基因是SOCS3(Suppressor of cytokine signaling 3)
请问mirna靶基因验证时怎么突变靶基因的3utr结合位点 - 分子...例如:靶基因和mirna的结合位点序列为:cauuuca,那应该怎么突变,不知道是突变其中一个还是几个碱基。看文献有的只突变1个碱基,有的突变2个碱基,不知道有没有什么

哪个数据库能找到mirna已经被验证的靶基因

2,mirna靶基因预测的软件有哪些

免疫沉淀当然,确定miRNA与mRNA之间的互作,我们还有更直接的方法,那就是从实验上寻找物理相互作用。我们可以利用RNA诱导沉默复合物(RISC)中的Argonaut(AGO)蛋白的抗体进行免疫共沉淀(co-IP)。生物通 目前更先进的方法是通过紫外线照射以交联复合物,然后开展深度测序以鉴定发现的RNA,这种方法被称为紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(HITS-CLIP),或CLIP-seq。利用这种方法来寻找miRNA的靶基因,能够明显降低miRNA结合位点的假阳性预测率,并且缩小miRNA结合位点的空间范围,可在全基因组范围内鉴定AGO蛋白与不同RNA上的结合。现在有多家公司提供CLIP-seq服务,如锐博生物。 Clontech公司(Takara旗下)也推出了一种新工具,能协助鉴定细胞中的miRNA靶点。这一工具名为MirTrap系统。它利用RISC蛋白的显性失活突变体,允许miRNA与其目标结合,但限制进一步的加工。此亚基整合到内源的Argonaute/RISC复合物中,并“锁定”miRNA-目标mRNA。显性失活亚基上的DYKDDDDK(FLAG表位)标签有助于整个Ago/RISC复合物的捕获和分离。这样就能实现miRNA及其目标的免疫沉淀,从而通过新一代测序或定量PCR来鉴定或定量。

mirna靶基因预测的软件有哪些

3,mirna数据库怎么用详细的中文

如果是要初步的筛选,最好用至少3个数据库进行预测,然后取共有的target gene进行下一步的验证,常用的数据库有targetscan,RNA22,mirbase,PITA,microcosom等等
以下是常用的microrna靶标数据库和软件资源列表,中文的暂时没有这种数据库吧,下面第一个基本就够用的了:(1) mirbase:众所周知的microrna基因注释数据库。目前mirbase只提供了microrna的靶标的预测软件的链接(如:pictar)。 (2) starbase:一个高通量实验数据clip-seq(或称为hits-clip)和mrna降解组测序数据支持的microrna靶标数据库,整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。 (3) tarbase:一个收集已被实验验证的microrna靶标数据库。 (4) mirecords:一个整合的microrna靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。 (5) targetscan: 基于靶mrna序列的进化保守等特征搜寻动物的microrna靶基因。是预测microrna靶标假阳性率较低的软件。而且是microrna领域大牛bartel实验室开发的。 (6) pictar:基于microrna或microrna靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microrna靶基因的软件,假阳性率也较低。是microrna领域大牛rajewsky实验室开发的。该文章位列mirna相关文章引用top5。 (7) pita:基于靶位点的可接性(target-site accessibility)和自由能预测microrna的靶标。是著名的生物信息学家segal实验室开发的。网址: (8) rna22:基于序列特征预测microrna的结合位点。是几个流行的microrna靶标预测软件的其中一个。ibm公司的研究团队开发的。 (9) miranda和microrna.org:是著名的memorial sloan-kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miranda的最新版本又叫mirsvr。(10) microcosm:embl-ebi的enright 实验室开发的microrna靶标数据库。 (11) mirtarbase:整合实验证实的microrna靶标的数据库。 (12) mirgator v2.0:整合microrna表达、靶标和疾病相关信息的数据库。 (13) mirnamap:动物的microrna基因及其靶标的数据库。 (14) mirdb: 动物microrna靶标预测和功能注释数据库。 (15) rnahybrid:一个基于mirna-target配对自由能预测microrna的靶标的软件。 (16) mirgen:microrna基因和microrna靶标数据库。 (17) targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小rna的靶标软件。 (18) miru, psrnatarget: 一个网页版的植物microrna靶标预测工具。 (19) cleaveland:一个基于mrna降解组数据预测microrna靶标的工具。 (20) target-align:一个就鉴定植物microrna靶标的工具。

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