肿瘤特征数据库有哪些，关于TCGA数据库的问题新手求助

本文目录一览

1，关于TCGA数据库的问题新手求助
2，细胞内的ca库有哪些
3，求个肺癌相关 miRNA数据库最好是中文的求个链接
4，哪个数据库能找到已经被验证的与特定疾病有关的mirna
5，基因毒性的化合物一般具有哪些结构基团

1，关于TCGA数据库的问题新手求助

这种东西是看不出来是否判断与肿瘤有关的，肿瘤本身具有远端转移特性，从各个组织中都有可能存在。所以如果想要看pathway是否与肿瘤相关，就需要点进去查看相关文献，把各种蛋白摸透，才能够搞定，如果仅仅凭借go数据库的pathway来的就能判断了

关于TCGA数据库的问题新手求助

2，细胞内的ca库有哪些

内质网、肌质网以及液泡等部分细胞器

ca 细胞＝cancer 癌症细胞癌细胞大致可分为三大类：鳞癌、腺癌、未分化癌.　　1．鳞癌　　一般起源于鳞状上皮,也可起源于已经发生鳞化的柱状上皮.根据涂片中大多数癌细胞的分化程度,可把鳞癌分为分化好和分化差两大类.　　高分化（角化型）鳞癌以类似表层细胞的癌细胞为主,并可见少量中层癌细胞,这些癌细胞分化比较成熟,表现多形性,如纤维形、蝌蚪形、蛇形等癌细胞,常散在分布.癌细胞胞质角化明显,故称角化型鳞癌.　　低分化（非角化型）鳞癌癌细胞形态类似底层鳞状上皮细胞,少数类似中层鳞状上皮细胞,不出现或很少出现表层癌细胞.癌细胞形态主要为圆形、卵圆形,多数成片脱落,也可单个散在,胞质少、不角化.he染色呈暗红色,巴氏染色为暗绿色,核大,核仁清楚.　　2．腺癌　　一般起源于柱状上皮和腺上皮.根据癌细胞大小,细胞内的粘液多少,有无形成腺腔样结构,腺癌亦可分为两型.　　高分化腺癌常形成腺样排列.癌细胞大,胞质丰富,he染色为浅红色,巴氏染色为浅绿色,其中可见粘液空泡.核大,核染色质颗粒粗,染色深,核仁巨大.　　低分化腺癌癌细胞小、胞质少,嗜碱性,粘液空泡少见.癌细胞常成团脱落,排列紧密,形成桑椹样结构.核小偏位,边缘胞质隆起.核染色质较粗,核仁小.　3．小细胞型未分化癌　　一般认为起源于支气管上皮的嗜银细胞,可产生多肽类激素而引起内分泌症状,故属于神经内分泌肿瘤.癌细胞小,圆形、卵圆形或瓜子形.胞质极少,细胞核约比淋巴细胞大半倍到一倍,核畸形明显,染色深,癌细胞排列紧密而不重叠,成片出现时,往往呈镶嵌样结构；单行排列时呈束状.这是未分化癌的特征性表现.

细胞内的ca库有哪些

3，求个肺癌相关 miRNA数据库最好是中文的求个链接

你好！这个目前做的好的都是英文的好像如有疑问，请追问。

以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表，中文的暂时没有这种数据库吧，下面第一个基本就够用的了：（1） miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。（2） starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。（3） Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。（4） miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。（5） targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。（6） PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。（7） PITA：基于靶位点的可接性（target-site accessibility）和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址：（8） RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。（9） miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。（10） MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。（11） miRTarBase：整合实验证实的microRNA靶标的数据库。（12） miRGator v2.0：整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。（13） MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。（14） miRDB: 动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。（15） RNAhybrid：一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。（16） miRGen：microRNA基因和microRNA靶标数据库。（17） Targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。（18） miRU, psRNATarget: 一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。（19） CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。（20） Target-align：一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。

求个肺癌相关 miRNA数据库最好是中文的求个链接

4，哪个数据库能找到已经被验证的与特定疾病有关的mirna

这里有一个软件：miRTarBae，不错！它整合实验证实的miRNA靶标的数据库。输入感兴趣的miRNA，即可找到验证了的靶基因。靶基因在Wikipedia就可找到它的功能！目前自己的实验验证了10个miRNA,找到一个有意思的miR483,它在小鼠上靶基因是SOCS3（Suppressor of cytokine signaling 3）

1、starbase一个高通量实验数据clip-seq（或称为hits-clip,par-clip,iclip）和mrna降解组测序数据支持的microrna靶标数据库,包含了mirna-mrna，mirna-lncrna，mirna-circrna，mirna-cerna 和rna-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。2、mirbase众所周知的microrna基因注释数据库。目前mirbase只提供了microrna的靶标的预测软件的链接（如：pictar）。最新版本发布时间：2010年9月。3、chipbase整合clip-seq和chip-seq的数据探讨microrna的转录和转录后调控，构建转录因子->microrna->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。4、tarbase一个收集已被实验验证的microrna靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。5、mirecords一个整合的microrna靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。6、targetscan基于靶mrna序列的进化保守等特征搜寻动物的microrna靶基因。是预测microrna靶标假阳性率较低的软件。而且是microrna领域大牛bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。7、pictar基于microrna或microrna靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microrna靶基因。假阳性率也较低。是microrna领域大牛rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。8、pita基于靶位点的可接性和自由能预测microrna的靶标。是著名的生物信息学家segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。9、rna22基于序列特征预测microrna的结合位点。是几个流行的microrna靶标预测软件的其中一个。ibm公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。10、miranda和microrna.org是著名的memorialsloan-kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miranda的最新版本又叫mirsvr。最新版本发布时间：2010年8月。11、microcosmembl-ebi的enright 实验室开发的microrna靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。12、mirtarbase整合实验证实的microrna靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。13、mirgator v2.0整合microrna表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。14、mirnamap动物的microrna基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。15、mirdb动物microrna靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。16、rnahybrid一个基于mirna-target配对自由能预测microrna的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。17、mirgenmicrorna基因和microrna靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。

5，基因毒性的化合物一般具有哪些结构基团

1什么是基因毒性杂质 基因毒性杂质（或遗传毒性杂质，Genotoxic Impurity ，GTI）是指化合物本身直接或间接损伤细胞DNA，产生基因突变或体内诱变，具有致癌可能或者倾向。潜在基因毒性的杂质（Potential Genotoxic Impurity ，PGI）从结构上看类似基因毒性杂质，有警示性，但未经实验证明的黄曲霉素类、亚硝胺化合物、甲基磺酸酯等化合物均为常见的基因毒性杂质，许多化疗药物也具有一定的基因毒性，它们的不良反应是由化疗药物对正常细胞的基因毒性所致，如顺铂、卡铂、氟尿嘧啶等。 2为何着重研究基因毒性杂质 基因毒性物质特点是在很低浓度时即可造成人体遗传物质的损伤，进而导致基因突变并可能促使肿瘤发生。因其毒性较强，对用药的安全性产生了强烈的威胁，近年来也越来越多的出现因为在已上市药品中发现痕量的基因毒性杂质残留而发生大范围的医疗事故，被FDA强行召回的案例，给药厂造成了巨大的经济损失。例如某知名国际制药巨头在欧洲市场推出的HIV蛋白酶抑制剂维拉赛特锭（Viracept， mesylate)，2007 年7月，EMA暂停了它在欧洲的所有市场活动，因为在其产品中发现甲基磺酸乙酯超标，甲基磺酸乙酯是一种经典的基因毒性杂质，该企业为此付出了巨大的代价，先内部调查残留超标的原因，因在仪器设备清洗时乙醇未被完全清除而残留下来，与甲基磺酸反应形成甲基磺酸乙酯。在被要求解决污染问题后还被要求做毒性研究，以更好的评估对患者的风险。同时有多达25000 名患者暴露于这个已知的遗传毒性。直到解决了这所有问题后 EMA才恢复了它在欧洲的市场授权。 近年来各国的法规机构如ICH、FDA、EMA等都对基因毒性杂质有了更明确的要求，越来越多的药企在新药研发过程中就着重关注基因毒性杂质的控制和检测。 3哪些化合物是基因毒性杂质 杂质的结构多种多样，对于绝大多数的杂质而言，往往没有充分的毒性或致癌研究数据，因而难以对其进行归类。在缺乏安全性数据支持的情况下，这些法规和指导原则采用“警示结构”作为区分普通杂质和基因毒性杂质的标志。对于含有警示结构的杂质，应当进行（Q）SAR预测和体内外遗传毒性和致癌性研究，或者将杂质水平控制在毒理学关注阈（TTC）之下。 目前，一般将致癌物分成两大类：一类是遗传毒性致癌物，通过化学键合直接破坏遗传物质产生致癌性，大多数的化学致癌物具有遗传毒性；第二类是非遗传毒性致癌物，通常不与发生化学键合作用，不对产生直接破坏，而是通过遗传物质外的间接机制引起致癌作用（如促进细胞过度增殖等）。 将多个文献中的警示结构汇总于（见原文PDF）。关于基因杂质警示结果的具体详细信息另外可参考欧盟发布的警示结构《Development of structure alerts for the in vivo micronucleus assay in rodents》。或进入 The Carcinogenic Potency Database (CPDB)，里面有 1547 种致癌物质的列表，结构式，CAS 号，作用部位，TTC 值等一系列信息。应当注意，含有警示结构并不意味着该杂质一定具有遗传毒性，而确认有遗传毒性的物质也不一定会产生致癌作用。杂质的理化性质和其他结构特点（如相对分子质量、亲水性、分子对称性 / 空间位阻、反应活性以及生物代谢速率等）会对其毒性产生抑制或调节作用。警示结构的重要性在于它提示了可能存在的遗传毒性和致癌性，为进一步的杂质安全性评价和控制策略的选择指明方向。 4对基因毒性杂质的法规要求及限度 最初，ICH相继推出的原料药杂质研究指导原则Q3A（R2）、制剂杂质研究指导原则 Q3B（R2），在这些指导原则中提及“对于能够产生强的药理活性或毒性的潜在杂质，即使其含量低于0.1%，仍然建议进行结构鉴定研究”。在之后的修订版中，还进一步明确“要关注原料药中的潜在遗传毒性杂质”，以及“对于毒性非常强的杂质，可能需要制定更低的限度”，但是其中并未明确阐述遗传毒性杂质的研究和控制问题，也未提出具体的研究原则、控制策略和限度要求。 在EMA（欧洲药物评审组织）推出《遗传毒性杂质限度指导原则》, 引入了可接受风险的摄入量，即毒性物质限量，或称毒理学关注门槛（TTC，Threshold of Toxicological Concern）这个概念。设置了限度值 TTC(1.5 μg/day)，即相当于每天摄入1.5 μg的基因毒性杂质，被认为对于大多数药品来说是可以接受的风险（一生中致癌的风险小于十万分之一）。按照这个阈值，可以根据预期的每日摄入量计算出活性药物中可接受的杂质水平。需要指出的是TTC是一个风险管理工具，它采用的是概率的方法。假如有一个基因毒性杂质，并且我们对它的毒性大小不太了解，如果它的每日摄

额

文章TAG：肿瘤特征数据数据库肿瘤特征数据库有哪些