小rna数据库有哪些，tRNAdb 是什么生物信息数据库

本文目录一览

1，tRNAdb 是什么生物信息数据库
2，nosql数据库有哪些
3，mirna数据库怎么用详细的中文
4，小鼠circrna数据库齐全吗
5，小数据库有哪些

1，tRNAdb 是什么生物信息数据库

ncRNA(non-coding RNA) 就是非编码RNA ，如小分子核仁RNA(sonRNA)、小RNA(miRNA)、小干扰RNA(siRNA)。NcRNA应该是遗传信息的携带者，RNA的一种,目前主要有三大种tRNA｜转运RNA，翻译｜mRNA信使RNA，转录｜｜rRNA核糖体RNA构成核糖体

我是来看评论的

tRNAdb 是什么生物信息数据库

2，nosql数据库有哪些

nosql数据库有哪些？1. In-Memory KV Store : Redis2. Disk-Based KV Store: Leveldb3. Document Store: Mongodb4. Column Table Store: HBase

nosql太火，冒出太多产品了，保守估计也成百上千了。互联网公司常用的基本集中在以下几种，每种只举一个比较常见或者应用比较成功的例子吧。 1. in-memory kv store : redis in memory key-value store，同时提供了更加丰富的数据结构和运算的能力，成功用法是替代memcached，通过checkpoint和commit log提供了快速的宕机恢复，同时支持replication提供读可扩展和高可用。 2. disk-based kv store: leveldb 真正基于磁盘的key-value storage, 模型单一简单，数据量不受限于内存大小，数据落盘高可靠，google的几位大神出品的精品，lsm模型天然写优化，顺序写盘的方式对于新硬件ssd再适合不过了，不足是仅提供了一个库，需要自己封装server端。 3. document store: mongodb 分布式nosql，具备了区别mysql的最大亮点：可扩展性。mongodb 最新引人的莫过于提供了sql接口，是目前nosql里最像mysql的，只是没有acid的特性，发展很快，支持了索引等特性，上手容易，对于数据量远超内存限制的场景来说，还需要慎重。 4. column table store: hbase 这个富二代似乎不用赘述了，最大的优势是开源，对于普通的scan和基于行的get等基本查询，性能完全不是问题，只是只提供裸的api,易用性上是短板，可扩展性方面是最强的，其次坐上了hadoop的快车，社区发展很快，各种基于其上的开源产品不少，来解决诸如join、聚集运算等复杂查询。

nosql数据库有哪些

3，mirna数据库怎么用详细的中文

如果是要初步的筛选，最好用至少3个数据库进行预测，然后取共有的target gene进行下一步的验证，常用的数据库有targetscan，RNA22，mirbase，PITA，microcosom等等

以下是常用的microrna靶标数据库和软件资源列表，中文的暂时没有这种数据库吧，下面第一个基本就够用的了：（1） mirbase：众所周知的microrna基因注释数据库。目前mirbase只提供了microrna的靶标的预测软件的链接（如：pictar）。（2） starbase：一个高通量实验数据clip-seq（或称为hits-clip）和mrna降解组测序数据支持的microrna靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。（3） tarbase：一个收集已被实验验证的microrna靶标数据库。（4） mirecords：一个整合的microrna靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。（5） targetscan: 基于靶mrna序列的进化保守等特征搜寻动物的microrna靶基因。是预测microrna靶标假阳性率较低的软件。而且是microrna领域大牛bartel实验室开发的。（6） pictar：基于microrna或microrna靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microrna靶基因的软件，假阳性率也较低。是microrna领域大牛rajewsky实验室开发的。该文章位列mirna相关文章引用top5。（7） pita：基于靶位点的可接性（target-site accessibility）和自由能预测microrna的靶标。是著名的生物信息学家segal实验室开发的。网址：（8） rna22：基于序列特征预测microrna的结合位点。是几个流行的microrna靶标预测软件的其中一个。ibm公司的研究团队开发的。（9） miranda和microrna.org：是著名的memorial sloan-kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miranda的最新版本又叫mirsvr。（10） microcosm：embl-ebi的enright 实验室开发的microrna靶标数据库。（11） mirtarbase：整合实验证实的microrna靶标的数据库。（12） mirgator v2.0：整合microrna表达、靶标和疾病相关信息的数据库。（13） mirnamap:动物的microrna基因及其靶标的数据库。（14） mirdb: 动物microrna靶标预测和功能注释数据库。（15） rnahybrid：一个基于mirna-target配对自由能预测microrna的靶标的软件。（16） mirgen：microrna基因和microrna靶标数据库。（17） targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小rna的靶标软件。（18） miru, psrnatarget: 一个网页版的植物microrna靶标预测工具。（19） cleaveland:一个基于mrna降解组数据预测microrna靶标的工具。（20） target-align：一个就鉴定植物microrna靶标的工具。

mirna数据库怎么用详细的中文

4，小鼠circrna数据库齐全吗

1、starBase 一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标。

随着对circrna研究的越来越多，已知的circrna数据信息在快速增长，在这里我们肽度时界（timedoo）整理了当前circrna相关的数据库列表，希望能帮到您：1.circbase[1]，是一个通过收集和整合已经发布的circrna数据构建的数据库。目前该数据库收集包括以下6个物种的circrna信息：人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇 (dm3)、矛尾鱼 (latcha1)、腔棘鱼 (latcha1)。该数据库最新版本发布时间为2014年1月。网址：http://www.circbase.org/。通过在搜索界面中的list search提交circbase支持的circrna id号或基因组区域位置信息，可以快速查询相关circrna信息；研究者也可以通过tablebrowser进行条件设置，筛选自己所需要的circrna数据。2.circrnabase[2] , 该数据库通过整合已发表的circrna数据，构建mirna与circrna以及circrna与rna结合蛋白（rbp)的互作网络。最新版本发布时间：2013年12月。网址：http://starbase.sysu.edu.cn/mircircrna.php3.circ2traits[3] ，是一个收集与人类疾病或性状潜在关联的circrna数据库。该数据库通过预测mirnas和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状rna间的相互作用关系，构建了相互作用网络,　并对mirnas-circrna相互作用组中的蛋白编码基因进行了go富集分析；此外，将与疾病相关的snps位点定位到circrna基因座上，并鉴定了环状rnas上的ago相互作用位点。最新版本发布时间：2013年12月。网址：http://gyanxet-beta.com/circdb/4.circnet[4]，利用464个rna-seq测序数据，进行新circrna预测及基因组注释，并计算已知的及新预测的circrna表达情况，构建circrna-mirna-genet调控网络，以上信息均可从该数据库获得。版本发布时间：2015年12月。网址：http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/5.deepbase v2.0[5]平台, 该数据平台收集了大约15万多的circrna基因（人、鼠、果蝇、线虫等），并构建了最全面的circrna的表达图谱。最新版本发布时间：2015年10月网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/6.circinteractome[6]该数据库预测了已知的109个rna结合蛋白数据集与circbase中的circrna的结合位点，并利用targetscan软件预测了mirnas与circrna的潜在结合位点。最新版本发布时间：2015年12月网址：http://circinteractome.nia.nih.gov/你也可以上肽度时界（timedoo）查看circrna（环状rna）学术解读资料。

5，小数据库有哪些

Access，MSDE 2000，Embedded Firebird，SQLite等都是可以免费再分发（free redistributable）的数据库。相比而言，MSDE 2000 显著缺点是需要安装，最大优点是和服务器端的 SQL Server 编程模型一致，开发便利。Access的显著缺点是功能较少，不支持事务等常用功能，最大优点是简单、多数开发者都很熟悉，部署也很方便。SQLite支持事务，也是一款单文件数据库，比较不足的是 .NET Data Provider 还不是很成熟。Firebird则同时具有：单文件、部署简单不需安装（只需 XCOPY 两个文件）、支持事务、存储过程、触发器，.NET Data Provider比较稳定成熟等优点。这个星球上的数据库实在不胜枚举，这里只列一些我接触过的常见的。可以稍微夸张点说，有交互的应用，起码得用一下数据保存，即便是自定义结构的数据保存，还是最常见的INI、XML等，都可以算是“数据库”，真正点的，如DBase系列、FoxBase、FoxPro、MSAccess、InterBase、MS SQL Server、Oracle、DB2等，这些是商业化的数据库，前面几个只能算是数据库，后面几个是RMDBS（关系型数据库管理系统）。对应商业化的，有开源的：SQLite、SimpleSQL、Berkely DB、Minosse、Firebird( 前身是是Borland公司的InterBase)、PostgreSQL、MySQL等。 □SQLite：大家可以看我的SQLite系列随笔，C编写的，可以跨操作平台，支持大部分ANSI SQL 92，它是嵌入式的轻量级关系形数据库引擎，只需要一个DLL，体积为250k，数据库也只是一个文件，零配置，便可工作。既然开源，你甚至可以把它嵌入你的程序中。核心开发人员只有一个，最近加入了另外一个，也就是2个人而已，实在佩服，目前发展到3.1.0，相当高效稳定，有开源驱动在sourceforge.net上有其ADO.NET Data Provider for SQLite ：https://sourceforge.net/projects/adodotnetsqlite/ 。 □SimpleSQL：相对SQLite要大几倍，但也是轻量级的，功能稍微强大一点，C++编写，有OLE、Java等版本。 □Berkely DB：C++编写的大型关系型数据库系统，还额外地支持XML(把XML当成数据库)，号称2百万的安装量，MySQL也只不过号称5百万安装量而已，跨平台。 □Minosse：纯C#编写的大型关系型数据库系统，理想是超越MS SQL Server！最新版本：0.2.0，真难得，纯Java写的看得多了，纯C#的，不是移植别人的，还是第一个，佩服作者：包含C/S和嵌入式版本，并可跨越大部分平台，因为它不用Windows的东西，可以在Mono下编译。 □Firebird：这个东西太牛了，目前有1.5稳定版本已经拥有大量特性，完全支持ANSI SQL92、98等，一些超酷的特性让人疯狂(1.0特性、1.5特性，从这里开始研究)，主要开发人员是一个俄罗斯人，目前开发队伍已经扩大到近100人，有3种模式，单机独立，典型C/S，超级服务器。2.0版本和3.0版本将在近期推出，看完其路线图(2.0、3.0)你就会疯掉。有.NET驱动，目前是1.7beta版。主要特性： ◆A.C.I.D； ◆MGA(任何版本的引擎都可以处理同一数据库记录)； ◆PSQL(存储过程)超级强大，ms sql相对的太次，它啥都能在服务器端实现并推送到客户端成为强大的报表，存储过程； ◆触发器都可以在客户端获取监控追踪； ◆自动只读模式； ◆创新的事务保证绝对不会出错； ◆24*7运行中仍然可以随时备份数据库； ◆统一触发器：任何操作都可以让某表唯一的触发器来总控； ◆大部分语言都可以写plug-in，并直接在存储过程中调用函数； ◆c->c++，更加少的代码但更加快的速度； ◆3种运行模式，甚至可以嵌入式； ◆主流语言都可以调用它； ◆动态sql执行； ◆事务保存点； □PostgreSQL：POSTGRES数据库的后开源版本，号称拥有任何其他数据库没有的大量新特性，似乎目标是要做超大型的OO关系型数据库系统，目前已经发展到8.0，有.NET驱动，中文官方网站有详细介绍。 □MySQL：这个，不用说了吧？号称全球最受欢迎的开源数据库，但让我奇怪的是，PostgreSQL都有简体中文的支持：包括内核、管理工具、QA等等，在最新版本MySQL中，我却没有发现... ，有.NET驱动，其中MySQL Connector/Net就是原来在sf.net上的ByteFX.Data项目，作者已经加入了MySQL团队，参看《感慨 20 之开源的前途/钱图？（1数据库）》。======================================================最近在学习 Firebird Embeded Database。作为一款单文件型小型数据库，Firebird 具有很多吸引人的特征，比如支持事务、支持存储过程、触发器等，而且 Embeded 版本的 Firebird 在 .NET 开发中只需要拷贝两个文件：一个 fbembed.dll （非托管但不需要注册的动态链接库）和一个 ADO.NET Data Provider 的 FirebirdSql.Data.Firebird.dll。这些特征都非常适合那些需要在客户端存储一些数据，但又不想安装数据库（比如MSDE）软件的情形。据称，在国外，需要使用客户端数据库的情况中，有30%左右的开发者选择Access，有30%的开发者选择MSDE 2000，有30%的开发者选择Embedded Firebird，剩余10%选择其他小型数据库，如SQLite，MySQL 等。上面所说的Access，MSDE 2000，Embedded Firebird，SQLite等都是可以免费再分发（free redistributable）的数据库。相比而言，MSDE 2000 显著缺点是需要安装，最大优点是和服务器端的 SQL Server 编程模型一致，开发便利。Access的显著缺点是功能较少，不支持事务等常用功能，最大优点是简单、多数开发者都很熟悉，部署也很方便。SQLite支持事务，也是一款单文件数据库，比较不足的是 .NET Data Provider 还不是很成熟。Firebird则同时具有：单文件、部署简单不需安装（只需 XCOPY 两个文件）、支持事务、存储过程、触发器，.NET Data Provider比较稳定成熟等优点。Firebird 本身有SuperServer和Embedded版本之分，后者只能本机访问，不接受TCP连接。对于开发者而言，从Embedded数据库切换到SuperServer，只需更改数据库连接串中的ServerType值就行。但是，在你正式决定使用?Firebird 之前，请你注意下面这个 known issue（已知问题）： Firebird 数据库文件不能放置在含有中文等字符的路径中。Firebird 的文件名不可以用中文字符，所在路径的任何部分如果含有中文字符，都将无法访问到数据库。举个例子，中文Windows桌面所在的目录一般是“C:\Documents and Settings\用户名\桌面”，如果数据库文件放置在桌面上，就无法访问到。当然，Firebird 内部是可以存储中文字符的，因为它支持 GB2312 和 UNICODE 等字符集。需要注意一点，连接串中的 Database 地址如果使用相对路径，请一定注意这个相对路径是相对于 fbembed.dll 所在目录的。

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